Anche se la cottura a microonde non incontra il favore di tutti, è invece indubbia l'utilità di questo apparecchio per lo scongelamento rapido degli alimenti. Il programma di scongelamento, disponibile in ogni forno a microonde, in pochi minuti permette di preparare per la cottura grandi pezzi di carne, pesci o pietanze congelate.

Nella maggior parte dei modelli è sufficiente premere un tasto pre-impostato perché il forno proceda autonomamente allo scongelamento dei cibi, alternando momenti di azione a periodi di riposo.

I tempi di scongelamento variano in base alla potenza del forno, alla qualità e alle dimensioni dei cibi: per determinare volta per volta i tempi adatti si consiglia di seguire le indicazioni segnalate sul libretto di istruzioni in dotazione con il forno stesso.
 

Per scongelare in modo uniforme minestroni, stufati, sughi di carne e di pomodoro si consiglia di mescolarli alcune volte durante la fase di decongelamento. Per evitare la dispersione dei liquidi durante lo scongelamento, è necessario porre gli alimenti su di un piatto di raccolta.

Gli alimenti congelati tagliati in piccoli pezzi o di piccole dimensioni possono essere cotti ancora surgelati; non è necessaria quindi la fase di scongelamento. Alcune parti (come le ossa presenti nelle carne) scongelano più rapidamente di altre: è importante quindi ricoprirle con carta di alluminio appena iniziano a cuocere. Dopo lo scongelamento a microonde, e prima della cottura, tutti gli alimenti necessitano di un periodo di riposo per tornare a temperatura ambiente.