Cuocendo a microonde non si possono ottenere buoni risultati con le preparazioni complesse, nate per i metodi di cottura tradizionali.

Inoltre, data la limitata penetrazione delle onde elettromagnetiche, se gli alimenti sono voluminosi e di forma irregolare, la cottura non sarà uniforme. Un limite importante del forno a microonde è dato dal fatto che non permette di ottenere la rosolatura o la doratura esterna delle preparazioni; questo avviene in quanto le onde riscaldano e cuociono l'alimento dall'interno e non dall'esterno, come accade nei metodi di cottura tradizionali. Inoltre, non possono essere cotte nel microonde le preparazioni che prevedono una lievitazione durante la cottura, come ad esempio molti tipi di dolci, la pizza e il pane. Nel forno a microonde alcuni tipi di salumi cuociono troppo e diventano secchi. Non è possibile nemmeno ottenere preparazioni che necessitano di frittura come frittate, patatine fritte, fritto di pesce, ecc.

A causa delle dimensioni ridotte il forno a microonde non può contenere alimenti e preparazioni di grandi dimensioni, che non troverebbero spazio sul piatto girevole. La cottura di pasta e riso, che assorbono grandi quantità d'acqua, necessita di tempi lunghi anche nel forno a microonde e quindi non permette di risparmiare tempo.