Se l'apparecchio funziona correttamente ed è in buono stato non si devono avere timori per la salute. La struttura e i materiali con i quali il forno è costruito, ovvero pareti di metallo e sportello di vetro, impediscono durante il funzionamento la fuoriuscita di onde elettromagnetiche. Per garantire una buona ventilazione, il forno a microonde deve essere posizionato lontano dagli altri elettrodomestici e dai muri, facendo attenzione a che la ventola di raffreddamento non sia coperta.

Per scongiurare la fuoriuscita di onde, è importante controllare regolarmente la buona tenuta dello sportello.

Il forno non va mai messo in funzione quando è vuoto perché le onde rimbalzerebbero all'interno del vano cottura causando danni all'apparecchio. Nel forno non si possono introdurre contenitori sigillati ermeticamente perché potrebbero scoppiare.